1995年北京大学生命科学学院陈阅增教授向中国动物学会提出成立生物进化研究小组的建议，立即得到学会领导的支持。在学会领导的支持和参与下，在陈阅增先生、张昀先生以及许多关心这一工作的一大批学者的努力下，在1996年11月15日中国动物学会常务理事会武夷山会议上决定成立“中国动物学会进化论小组”筹备组，组长陈宜瑜，副组长张昀、宋大祥，秘书程红，组员共24名（包括上述人员），该小组挂靠在北京大学生命科学学院，学院院长周增泉表示大力支持小组工作。

1997年4月27日第一次全国生物进化理论学术研讨会在河北石家庄河北师范大学召开。与会学者60多位，来自全国各地的许多领域的教学、科研机构，有知名的科学家，也有工作在第一线的中青年学者。与会者就达尔文“物种起源”问世以来进化理论的发展、新学说和新争论、分子进化、种群进化、系统发生、大进化以及行为进化等专题分别进行了报告、讨论和学术交流。会上宣读了20多篇高水平的报告和论文。

1999年4月25日-29日中国动物学会第十四届会员代表大会暨学术讨论会进程中，进化论小组筹备组召开了第二次进化理论学术研讨分会，在这次分会上宣读了大约10篇进化理论研究的论文。

进化论小组筹备组2000年11月26—29日在北京召开第三次生物进化研讨会，来自全国各地的45位会员代表参加了本次大会。会议由进化生物学分会筹备组组长周开亚教授主持，中国动物学会副理事长宋大祥教授致开幕词，北京大学生命科学学院院长周曾铨教授代表北京大学祝贺会议召开, 周开亚教授代表进化生物学分会筹备组报告工作。与会的学者就进化理论的有关专题作了精彩报告，共递交20篇论文，并出版了非正式的论文集。

中国动物学会生物进化理论专业委员会在2003年7月4日正式被民政部批准成立，挂靠在北京大学生命科学学院。有正式会员20人。

(第三届)主任委员、副主任委员、秘书长介绍：
       主任委员：吕植
       副主任委员：杨继、杨光、袁训来
       秘书长：姚锦仙

(第四届)主任委员、副主任委员、秘书长介绍：
       主任委员：杨光
       副主任委员：于黎、张蔚、赖仞、詹祥江、缪炜
       秘书长：徐士霞

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